- Два контракта Форт Детрик/NIAID
- Форт Детрик получил образцы человеческой крови
- Учёные утверждают, что они удалили генетический материал человека до создания генома
- Опубликованный геном был смонтирован с помощью эталонных последовательностей
- Некоторые геномные сегменты отсутствовали более половины
- ПЦР-праймеры также сопоставили генетический материал человека
- Запись в GenBank подтверждает происхождение генома хантавируса
- Материалы по «хантавирусу»
Опубликованная последовательность генома андского хантавируса была создана в известной военной биолаборатории США Форт Детрик на основе фрагментированных секвенирующих считываний, извлеченных из человеческой крови с помощью компьютерного программного обеспечения для сборки и референсных геномных заполнений, согласно дополнительным приложениям и записям GenBank, связанным с статьёй в New England Journal of Medicine (NEJM) 2020 года .
Раскрытие информации о финансировании документа показывает, что работы по реконструкции генома хантавируса в Форт-Детрике поддерживались через государственные каналы биозащиты и финансирования инфекционных заболеваний, связанные с HHS/NIAID (HHSN272201800013C и HHSN272200700016I), включая контракты с Институтом Battelle Memorial и Laulima Government Solutions.
После однократного заражения вирусом ЭНД в популяции людей из резервуара для грызунов передача инфекции произошла от 3 человек с симптомами, которые посещали многолюдные общественные мероприятия. После того, как было подтверждено 18 случаев, сотрудники общественного здравоохранения применили меры изоляции лиц с подтвержденными случаями и карантин для возможных контактов; эти меры, скорее всего, предотвратили дальнейшее распространение.
Среднее репродуктивное число (число вторичных случаев, вызванных инфицированным человеком в течение инфекционного периода) составляло 2,12 до принятия мер контроля и снизилось до 0,96 после их принятия. Полное секвенирование генома штамма ANDV, вызвавшего эту вспышку, было проведено на образцах, взятых у 27 пациентов, и показало, что присутствующий штамм (Epuyén/18-19) был похож на штамм-возбудитель (Epilink/96) первой известной передачи хантавирусного легочного синдрома от человека к человеку, вызванного ANDV, который произошел в Эль-Больсоне, Аргентина, в 1996 году.
Клинические исследования, проведенные с участием пациентов с хантавирусным легочным синдромом и ВВ во время этой вспышки, показали, что пациенты с высокой вирусной нагрузкой и поражением печени были более подвержены распространению инфекции, чем другие пациенты. Тяжесть заболевания, разнообразие генома, возраст и время, проведенное в больнице, не имели четкой связи со вторичной передачей.
Два контракта Форт Детрик/NIAID
Общее потенциальное финансирование, выделенное на два контракта Форт Детрик/NIAID вместе, составляет примерно 387,5 миллиона долларов.
Записи показывают, что учёные из Института медицинских исследований инфекционных заболеваний армии США (USAMRIID), как сообщается, физически получали образцы крови у предполагаемых пациентов с хантавирусом и использовали эти образцы для создания геномной последовательности, которая сейчас хранится в GenBank и цитируется в научной литературе.
Та же последовательность генома хантавируса Анд, построенная в Форт-Детрике, теперь используется исследователями как эталонный геном для анализа и сравнения последовательностей, связанных с недавней вспышкой хантавируса 2026 года на борту круизного лайнера MV Hondius.
Эта связь вызывает серьёзные вопросы о том, строятся ли современные системы обнаружения вспышек, геномный надзор и авторитарные системы реагирования на пандемии на основе компьютерно восстановленных эталонных последовательностей, созданных в военных и биозащитных исследовательских трубопроводах, а не на напрямую секвенированных очищенных вирусных изолятах.
Если базовые геномные последовательности, лежащие в основе ПЦР-тестирования, отслеживания вспышек, карантинных политик, систем наблюдения и разработки вакцин, сами по себе сильно зависят от компьютерной реконструкции, статистического моделирования и заполнения эталонных последовательностей, а не от прямого непрерывного секвенирования очищенных вирусных изолятов, это вызывает глубокие вопросы о том, не становится ли вся система реагирования на пандемию всё более круговой и самореферентной.
Что делает систему потенциально уязвимой для применения оружия, потому что тот, кто контролирует эталонные последовательности, вычислительные конвейеры и диагностические стандарты, фактически контролирует основу, на которой вспышки обнаруживаются, моделируются, объявляются и на них реагируют на вспышки.
Форт Детрик получил образцы человеческой крови
В дополнительном приложении к статье NEJM прямо говорится:
«В геномный анализ были включены образцы цельной крови из 28 (82% из 34) лабораторно подтверждённых случаев вспышки легочного синдрома хантавируса Эпуйена ANDV.»
Исследователи также написали:
«РНК была извлечена из 400 мкл цельной крови…»
В приложении также указано, что образцы были физически перенесены в военную систему биозащиты Форт Детрик:
«Образцы были отправлены в USAMRIID по соглашению о передаче материалов (контрольный номер MRMC: W81XWH-18-0469)…»
То есть опубликованный геном хантавируса был получен на основе фрагментированных РНК-секвенирующих считываний, извлечённых непосредственно из смешанных образцов человеческой крови, обработанных в американском военном биолабораторном корпусе.
Учёные утверждают, что они удалили генетический материал человека до создания генома
Записи показывают, что учёные из Форт-Детрик не секвенировали один полный непрерывный геном хантавируса из очищенных вирусных частиц.
Вместо этого рабочий процесс включал следующее:
- извлекая смешанный генетический материал из человеческой крови,
- вычислительно удаляя человеческие последовательности,
- Сборка фрагментированных секвенирующих считываний в частичные геномные фрагменты, называемые Contigs,
- и заполнение пропущенных геномных пробелов с помощью ранее опубликованных эталонных последовательностей из GenBank.
В приложении прямо говорится:
«Удаление человеческого генома и человеческого транскриптома было впоследствии проведено путём выравнивания по качеству обрезанных считываний с человеческим геномом GRCh38…»
То есть учёные из Форт-Детрик утверждают, что сначала отфильтровали человеческий генетический материал из данных секвенирования крови, а затем собрали оставшиеся фрагменты в опубликованный геном андского хантавируса.
Но поскольку исходный материал состоял из смешанных фрагментов секвенирования человеческой крови, а не из непосредственно секвенированного очищенного вирусного изолята, окончательный опубликованный геном всё равно зависел от вычислительной интерпретации, решений по реконструкции и заполнений с помощью референсов для определения того, что в конечном итоге считается последовательностью «хантавируса».
Окончательный опубликованный геном не был просто «прочитан» напрямую из очищенной вирусной частицы.
Он возникл через несколько уровней компьютерной фильтрации, реконструкции, вызова статистического консенсуса и патчирования последовательностей ссылок, выполненных внутри биоинформатического конвейера Форт-Детрик.
Опубликованный геном был смонтирован с помощью эталонных последовательностей
В приложении объясняется, как был собран геном:
«Для генерации консенсусных геномов ANDV очищенные риды собирались заново с помощью SPAdes…»
Однако данные секвенирования не дали полного непрерывного генома непосредственно из образцов крови пациентов.
Вместо этого исследователи признали, что недостающие участки генома должны быть заполнены с помощью ранее опубликованных геномных последовательностей:
«Пробелы и концы неполных контингов были заполнены последовательностями из близких полных геномных сегментов из GenBank…»
То есть части окончательного опубликованного генома хантавируса были соединены с использованием старых эталонных геномных последовательностей, где данные прямого секвенирования отсутствовали или были неполны.
В приложении также говорится:
«Для консенсусного вызова использовались только базы с рейтингом качества Phred >Q20 и минимум 3-кратным покрытием.»
Консенсусный вызов — это компьютерный процесс, который генерирует «наиболее подходящую» геномную последовательность на основе фрагментированных чтений секвенирования после фильтрации, выравнивания и реконструкции.
Если части опубликованного генома хантавируса отсутствовали и её пришлось заполнять с помощью более старых эталонных последовательностей, то какая часть итогового генома была напрямую секвенирована из крови пациента, а насколько — компьютерная реконструкция?
Некоторые геномные сегменты отсутствовали более половины
Записи также показывают, что некоторые геномные сборки были существенно неполными до применения реконструкции и референсных заполнений.
Таблица S3 показывает достигнутый сегмент L у одного пациента:
Покрытие «3080/6562 [46,94%]»
Это означает, что более половины этого сегмента генома отсутствовало до того, как были использованы дополнительные реконструкции и заполнения референсного генома для завершения опубликованной последовательности.
Другие образцы пациентов достигли гораздо большего охвата — многие приближались к 99%, но приложение подтверждает, что неполные контигосы и отсутствующие геномные области были повторяющейся частью процесса сборки.
Это означает, что части опубликованного генома хантавируса не были напрямую секвенированы из материалов пациентов, а были вычислительно воссозданы и скреплены там, где отсутствовали исходные геномные данные.
Это вызывает серьёзные вопросы относительно точности и надёжности конечного опубликованного генома, поскольку значительная часть некоторых последовательностей отсутствовала и позже была восстановлена с помощью компьютерных референсных заполнений, а не напрямую секвенированной из пациентских материалов.
ПЦР-праймеры также сопоставили генетический материал человека
Значимость этих результатов становится ещё больше, если сравнивать с недавними анализами BLAST, показывающими, что опубликованные ПЦР-праймеры и флуоресцентные зонды хантавируса неоднократно совпадали с человеческим генетическим материалом.
Согласно анализу:
«части генетических последовательностей, используемых ПЦР-тестом для якобы обнаружения хантавируса, также напрямую совпадают с последовательностями человеческой ДНК.»
В документальном отчёте повторялось:
- Точное совпадение 19/19,
- 20/20 точные совпадения,
- 18/18 точные совпадения,
- а также многочисленные 17/17 точные совпадения между компонентами ПЦР хантавируса и геномными областями человека.
Сам флуоресцентный детекторный зонд — компонент, отвечающий за генерацию «положительного» ПЦР-сигнала — также давал повторяющиеся точные и почти точные совпадения человеческой ДНК.
Эти результаты становятся особенно значимыми на фоне рабочего процесса в Форт-Детрике, который сам начинался с смешанных образцов человеческой крови и требовал вычислительного вычитания человеческого генетического материала перед сборкой генома.
Это перекрытие вызывает очевидные вопросы о том, насколько уверенно система ПЦР могла бы отличить предполагаемый генетический материал хантавируса от человеческого, когда опубликованный референсный геном был восстановлен на основе смешанных данных секвенирования, полученного из человеческой крови.
Подробнее:
Запись в GenBank подтверждает происхождение генома хантавируса
Запись GenBank, связанная с вспышкой, независимо подтверждает биологический исходный материал, использованный для создания опубликованного генома.
В записи говорится:
/isolation_source=«цельная кровь»
Метаданные GenBank также перечисляют конвейер сборки компьютера, используемый для генерации генома:
- Рэй
- Бабочка2
- Пикар
- Prinseq-lite
- Cutadapt
- Секвенирование Illumina
Приложение NEJM и записи GenBank не описывают:
- очищение целостных вирусных частиц,
- Изоляция бляшек,
- Очищение вирусных культур перед секвенированием,
- или прямое секвенирование очищенных вирионов.
Вместо этого записи показывают, что опубликованный геном андского хантавируса был собран в Форт-Детрике из фрагментированных секвенирующих считываний, извлечённых из человеческой крови после вычислительного удаления человеческого генетического материала и заполнения недостающих геномных областей с использованием ранее опубликованных референсных геномных последовательностей.
Записи показывают рамки биозащиты и реакции на вспышки, которые всё больше сосредоточены на вычислительно восстановленных геномных последовательностях, созданных из фрагментированного смешанного биологического материала и дополненных эталон-ориентированными конвейерами сборки, а не прямым непрерывным секвенированием очищенных вирусных частиц.
Эти компьютерно собранные консенсусные геномы затем становятся основой для:
- ПЦР-тестирования,
- Филогенетическое моделирование,
- Картографирование передачи,
- Вычисления репродуктивных чисел,
- отслеживание вспышек,
- Карантинная политика,
- системы наблюдения,
- а также разработка противодействия вакцинам или мРНК.
Другими словами, те же компьютерно сгенерированные геномные конструкции, собранные с помощью алгоритмов фильтрации, заполнений последовательностей отсылок и статистического консенсусного моделирования, позже рассматриваются как авторитетная биологическая основа всей инфраструктуры реагирования на вспышки.
И всей паники в СМИ, что мы сейчас наблюдаем.
Материалы по «хантавирусу»
- ПЦР при хантавирусе: ложные срабатывания
- «Хантавирус», генная терапия и переговоры ВОЗ
- Белок красных водорослей и снижение нагрузки нового «хантавируса»
- Почему ивермектин и гидроксихлорохин могут помочь при хантавирусе: исследования
