Журнал ‘Scientific Reports’: ПЦР-тесты на Эболу дают противоречивые результаты

Общество
Поблагодарить автора - можно здесь/резервная ссылка.

На 3 июня 2026 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) подтвердила 344 случая заражения Эболой и 60 смертей в ДРК, число подозреваемых случаев снижено до 116, заявил генеральный директор организации Тедрос Адханом Гебрейесус.

https://ria.ru/20260603/ebola-2096528186.html?ysclid=mpy5fhi8my798185336

«В ДРК ВОЗ подтвердила 344 случая заражения Эболой и 60 случаев смерти. При этом число подозреваемых случаев снижено до 116″, — сказал он на пресс-конференции в Женеве.

Однако ВОЗ по-прежнему оценивает риск распространения болезни на национальном уровне как очень высокий, как высокий на региональном и как низкий на глобальном уровне, отметил глава организации.

ВОЗ признала ситуацию со вспышкой Эболы в ДРК и Уганде чрезвычайной и представляющей опасность для других стран. Прежняя вспышка лихорадки в Демократической Республике Конго завершилась в октябре 2025 года.

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) рекомендует использовать определённые методы диагностики вируса Эбола, включая полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).

Scientific Reports

Статья, связанная с военными США, опубликованная в Scientific Reports в 2023 году, показывает, что результаты тестов РТ-ПЦР на Эболу менялись в зависимости от того, как были спроектированы синтетические праймеры и зонды — одни и те же образцы на людях были отрицательны в одной конфигурации ПЦР и положительные — в другой.

В настоящее время ПЦР-тесты используются для подсчёта случаев Эболы, которые правительства применяют для оправдания карантинов и других авторитарных мер реагирования на вспышки.

Исследование, проведённое исследователями из Медицинского исследовательского института инфекционных заболеваний армии США (USAMRIID) и частично финансируемое Агентством по снижению угрозы обороны (DTRA), напрямую подрывает идею о том, что ПЦР-тестирование на Эболу — это фиксированная, стабильная или независимо самовалидирующая диагностическая система.

Исследование финансировалось в рамках следующих целей:

«Агентство по снижению угроз обороны (DTRA) и Отдел наблюдения за здоровьем Вооружённых сил (AFHSD), Глобальный отдел наблюдения за новыми инфекциями (GEIS).»

Согласно статье:

«Сравнение эффективности нового теста с предыдущими анализами на панели человеческих образцов EBOV показало повышенную чувствительность анализа, что отражено в снижении показателей Cq при обнаружении трёх положительных тестов, которые дали отрицательный результат в исходном анализе.»

Другими словами, одни и те же человеческие образцы давали противоречивые результаты тестов на Эболу в зависимости от того, какая синтетическая конфигурация праймера/зонда использовалась.

В статье неоднократно отмечается, что небольшие несоответствия последовательностей между праймерами/зондами анализа и целевыми результатами теста на Эболу существенно изменили результаты тестов на Эболу.

Согласно исследованию:

«Несоответствия в последовательности праймера или зонда и целевого организма могут привести к снижению чувствительности, неудаче анализов и ложноотрицательным результатам.»

Исследователи обнаружили, что всего одно или два несоответствия нуклеотидов кардинально изменяют поведение амплификации.

В статье говорится:

«Одно или два несоответствия капсулы или зонда приводили к снижению чувствительности от минимального до почти двух логарифматов.»

В исследовании также сообщалось:

«Одно несоответствие между праймером и шаблоном оказало незначительное влияние (<изменение на 0,5 Cq) на чувствительность анализа, тогда как два несоответствия привели к значительному влиянию (> изменении 4,5 Cq).»

ПЦР-амплификация экспоненциально, то есть сдвиг на 4,5 цикла является существенным.

В статье было указано:

«обратный праймер в анализе Ebo-TM reverse (G18A) имел два несоответствия для Kikwit и Makona, что привело к значительному снижению чувствительности на 4,9 и 4,55 Cq»

Исследование также признаёт, что ранние системы ПЦР при Эболе с самого начала создавались с использованием неполных геномных предположений.

Согласно статье:

«анализы, разработанные в то время с использованием ограниченной доступной геномной информации»

Исследователи признали, что последующее секвенирование вспышек выявило дополнительное разнообразие последовательностей Эболы, способное подорвать эти предыдущие анализы.

В статье говорится:

«Быстрое геномное секвенирование, использованное во время вспышки, выявило геномное разнообразие, которое может негативно повлиять на ранее разработанные анализы.»

Исследование неоднократно предупреждает, что якобы «неоткрытое» разнообразие последовательностей может привести к полному упуску положительных образцов на Эболу.

Согласно статье:

«Повышение риска ложноотрицательных результатов тестов из-за неоткрытого генетического разнообразия.»

Затем исследователи сами изменили правила молекулярного обнаружения, переработав праймеры и зонды и введя «вырожденные нуклеотиды» для расширения сопоставления последовательностей.

Согласно исследованию:

«Мы переработали анализ Ebo-TM, чтобы учесть все уже установленные дисперсии EBOV в целевом регионе анализа, включив дегенерированные нуклеотиды для смягчения влияния несоответствий на результаты анализа.»

Переработанный анализ затем был вычислительно валидирован на базах данных последовательностей.

Согласно статье:

«Анализ in silico показал, что 100% идентичность 99,7% всех последовательностей EBOV в GenBank»

В статье также отмечается, что переработанный анализ был построен только на «всех известных» вариантах Эболы.

Согласно исследованию:

«Тестирование на инклюзивность показало, что новый тест EBO-TM2 обнаружил все известные варианты EBOV»

Формулировка «всё известно» важна, поскольку косвенно признаёт, что дополнительное неоткрытое разнообразие последовательностей может вновь подорвать текущие анализы в будущем — так же как недавно обнаруженное разнообразие последовательностей подрывало предыдущие.

Исследование также предполагает, что смешанные последовательности в самих выборках могут изменять поведение амплификации.

Согласно статье:

«небольшая популяция вирусов в запасе EBOV Mayinga может иметь варианты, зафиксированные в праймерах G14A и G18A, что приведёт к небольшому улучшению эффективности усиления»

Критически важно, что, хотя статья предполагает, что переработанный анализ был более точным, исследование так и не доказало независимо того, какой результат теста действительно верен для спорных человеческих образцов.

Это означает, что статья никогда независимо не установила, был ли исходный анализ ошибочным, переработанный анализ ошибочным или же противоречивые положительные и отрицательные результаты Эболы были просто артефактами изменения предположений ПЦР-праймера и зонда.

То, что статья напрямую продемонстрировала:

  • Одна конфигурация анализа дала отрицательные результаты,
  • Другая конфигурация анализа дала положительные результаты,
  • и те же человеческие образцы меняли диагностическую классификацию в зависимости от того, как была спроектирована сама система ПЦР.

В статье в конечном итоге РТ-ПЦР-тестирование на Эболу изображается как высоко-зависимый от последовательностей молекулярный процесс обнаружения, результаты которого сильно формируются следующими данными:

  • эволюционируя предположения последовательностей,
  • неполные геномные базы данных,
  • Инженерия грунтов/зондов,
  • Толерантность к несоответствию,
  • и продолжающихся решений по редизайну анализа.

В статье показано, что результаты ПЦР при Эболе изменились при изменении праймеров и зондов анализа, что одни и те же человеческие образцы дали противоречивые положительные и отрицательные классификации Эболы при различных конфигурациях анализов, а также что недавно обнаруженное разнообразие последовательностей подрывало более ранние системы ПЦР, созданные на основе неполных геномных предположений.

Рисунок 1. Несоответствия последовательностей, выявленные среди вариантов EBOV. (А) Несколько вариантов EBOV, включая Майинга (GenBank #NC_002549), Киквит (#KR867676), Макона Сьерра-Леоне (#KM233075), Макона Мали (#KP260799), Габон (#KC242792) и Луэбо (#KC242785) были приведены в соответствие. Показана область-мишень для анализа с прямым и обратным праймерами, обозначенными внешними, а зонд — внутренними стрелками. (Б) Последовательности праймеров, используемых в рукописи. Обратите внимание на цветовые схемы для праймеров и зонда. пробники в (А), (Б) соответствуют праймерам, соответствующим варианту EBOV. Например, зеленый R2079 (G14A, G18A) соответствует EBOV Luebo и показан в (А) как зеленый обратный праймер. Праймер R2079 (G18A) содержит единственный изолированный вариант, обозначенный * на обратной стороне праймера EBOV Luebo в (A).

Критически важно, что исследование так и не доказало независимо, какой результат анализа действительно был корректным для спорных человеческих образцов.

Вместо этого в статье было показано, что сами результаты диагностики Эболы менялись в зависимости от того, как была спроектирована система ПЦР.

  • Исследование также признаёт, что якобы «неоткрытое» разнообразие последовательностей может продолжать подрывать текущие анализы в будущем, так же как недавно обнаруженное разнообразие последовательностей подрывало прежние.
  • Это означает, что системы РТ-ПЦР при Эболе остаются постоянно зависимыми от неполных геномных баз данных, меняющихся предположений последовательностей, изменения конструкции праймеров/зондов, решений по допускам к несоответствию и постоянной переработке самого анализа.
Рисунок 2. Анализ несоответствия праймеров и зондов выявил влияние несоответствий последовательностей на обнаружение мишеней. (А) Варианты EBOV Kikwit, Mayinga, Makona и Luebo были протестированы методом ОТ-КПЦР с использованием различных комбинаций праймеров и зондов, указанных на рисунке. 1. Приведены значения Cq для каждой комбинации анализов, протестированных с использованием нуклеиновой кислоты из каждого варианта EBOV. Образцы были протестированы в трех экземплярах, и столбцы ошибок указывают на стандартное отклонение. Цвета полос соответствуют праймерам и зондам, показанным на рис. 1А. (Б) Изменения в ПЦР в реальном времени сигнал (ΔCq) был рассчитан с учетом анализа Ebo-TM. Различия в праймере и зонде в зависимости от матрицы показаны в виде совпадения, одиночного варианта или двойного варианта. Значимость определялась с помощью t-критерия (метод Холма-Сидака), и сравнение считалось значимым, если разница составляла менее 0,05 (*p<0,05, **p<0,01).

Если одни и те же человеческие образцы могут давать противоречивые результаты тестов на Эболу при разных конфигурациях ПЦР — без независимого установления, какой результат был действительно верен — то надёжность тестов, используемых для подсчёта «случаев» Эболы, и обоснования карантина и других мер реагирования на вспышки на основе этих случаев, становится серьёзно поставлена под сомнение.

Последние материалы по ПЦР

Материалы по Эболе

Источник: Военные США подтверждают, что ПЦР-тесты на Эболу дают противоречивые результаты по тем же человеческим образцам: журнал ‘Scientific Reports’

Оцените автора
( 3 оценки, среднее 5 из 5 )
R&M Статья по вам плачет!
Добавить комментарий

КаналТелеграм