Что произошло за несколько дней до начала пандемии SARS-CoV-1 в 2002 году

Общество
Поблагодарить автора - можно здесь/резервная ссылка.

В ноябре 2002 года — в том же месяце, когда китайские официальные лица позже сообщили, что первые случаи SARS начали появляться в провинции Гуандун — команда под руководством вирусолога из Университета Северной Каролины Ральфа Барика опубликовала статью, описывающую программируемую полноразмерную систему сборки его генома, способную реконструировать геномы при одновременном удалении видимых отпечатков сборки с конечной конструкции.

Journal of Virology

Статья, опубликованная 1 ноября 2002 года в Journal of Virology, называлась «Систематическая сборка полноразмерной инфекционной кДНК штамма вируса гепатита мышей A59» и описывала новую платформу обратной генетики для сборки целого генома коронавируса из модульных фрагментов ДНК.

Работа финансировалась за счёт американских налоговых средств в виде исследовательских грантов Национальных институтов здравоохранения (NIH): «AI23946 и GM63228 R.S.B., AI26603 M.R.D., и AI17418 S.R.W.»

О чем эта статья:

До того, как впервые была зафиксирована вспышка SARS-CoV-1, статья Барика 2002 года уже создала программируемую платформу обратной генетики коронавируса, способную к модульной сборке генома, бесшовной реконструкции без рубцов, целенаправленной генетической манипуляции и якобы восстановлению инфекционного коронавирусного материала из модифицированных генетических последовательностей.

  • Эти системы позволяли исследователям быстро проектировать, модифицировать, реконструировать, тестировать, секвенировать и массово изучать коронавирусы в лабораторных условиях — возможности, которые впоследствии всё больше связывались с диагностикой, разработкой вакцин, геномным наблюдением, исследованиями по реагированию на пандемию и расширением инфраструктуры подготовки к коронавирусу.

Есть ли связь «подготовка — будущая пандемия»?

Это время вызывает очевидные вопросы о том, действительно ли появление сложных государственных инженерных систем по коронавирусу и начало эры SARS были независимыми событиями.

Исследование было сосредоточено на вирусе гепатита мышей (MHV), коронавирусе второй группы, но в статье открыто описывалась гибкая система для проектирования и реконструкции полноразмерных геномов коронавируса.

«Был разработан новый метод сборки полноразмерной инфекционной кДНК штамма гепатита A59 группы II коронавируса у мышей», — говорится в статье.

Исследователи объяснили, что они разделили геном коронавируса на семь отдельных фрагментов кДНК, создали уникальные соединения на концах фрагментов, а затем собрали весь геном в полноразмерную конструкцию.

«Соединения рестрикционных сайтов, расположенные на концах каждой кДНК, систематически удаляются во время сборки полного продукта полноразмерной кДНК, что позволяет восстановить его без внесения изменений нуклеотида», — говорится в статье.

То есть инженерные маркеры, использованные при создании, не остались видимы в окончательном восстановленном геноме.

В статье это описывалось как технология «No See’m»: метод сборки без рубцов, предназначенный для регенерации точной вирусной последовательности дикого типа на пересечениях после сборки.

Авторы объяснили систему следующим образом:

«При расщеплении и связке с соседним фрагментом оба участка Esp3I теряются из конечного продукта, оставляя точную последовательность MHV-A59 на месте соединения.»

В исследовании также говорится:

«В собранном продукте не должно оставаться никаких доказательств того, что сайт Esp3I, встроенный в клоны компонентов.»

В статье также подчёркивалось, что платформа позволяет целенаправленную манипуляцию по всему геному коронавируса.

«Полноразмерные инфекционные конструкции MHV-A59 позволят проводить генетические модификации всего генома коронавируса», — написали авторы.

Исследователи также отметили, что метод имеет применение не только для коронавирусов:

«Этот метод имеет потенциал для построения вирусных, микробных или эукариотических геномов длиной около нескольких миллионов пар оснований и для вставки рестрикционных участков в любой нуклеотид микробного генома.»

Время публикации важно, поскольку статья появилась именно в исторический момент, когда мир вступил в современную эпоху вспышки коронавируса.

На практике в статье описывалась система, позволяющая учёным создавать и модифицировать коронавирусы на компьютере и в лаборатории, быстро создавать тестируемые модели вирусов и изучать, как конкретные генетические изменения влияют на вирус.

Эти возможности важны для разработки ПЦР-тестов, исследований вакцин, отслеживания вирусов и масштабных программ реагирования на пандемию после появления SARS.

О чем мы уже писали — как это отражается на «ложных срабатываниях»:

Рукопись была впервые получена в журнал 31 января 2002 года, принята 22 июля 2002 года и в итоге опубликована в ноябрьском номере журнала Journal of Virology за 2002 год.

В том же месяце китайские официальные лица позже сообщили, что первые случаи SARS-CoV-1 начали появляться в провинции Гуандун — вспышка, которая значительно ускорит глобальные инвестиции в секвенирование коронавируса, обратную генетику, ПЦР-диагностику, геномный мониторинг, синтетическую биологию, платформы вакцин и исследовательскую инфраструктуру реагирования на пандемию на ближайшие два десятилетия.

Годы спустя Барик изложил и запатентовал, как создавать коронавирусы с определяющими признаками SARS-CoV-2 — вставкой места расщепления фурина (PRRA) на пересечении S1/S2, направленными мутациями, оптимизирующими человека по всему домену связывания рецепторов (включая критический остаток Q498), а также двухпролиновой (V1060P/L1061P) замещением для стабилизации белка шипа в его префузионной конформации — всего за несколько месяцев до начала пандемии COVID-19.

Тематические материалы

Источник: Барик опубликовал платформу для бестрассовой инженерии генома коронавируса всего за несколько дней до начала пандемии SARS-CoV-1 в 2002 году

Оцените автора
( 6 оценок, среднее 5 из 5 )
R&M Статья по вам плачет!
Добавить комментарий

КаналТелеграм